Organami Szkoły Podstawowej nr 6 im. Jana Kocanowskiego w Malbrku są:
1. Dyrektor Szkoły
2. Rada Pedagogiczna
3. Samorząd Uczniowski
4. Rada Rodziców
5. Rada Szkoły
Organ prowadzący szkołę:
Samorząd gminy miejskiej Malbork
adres: 82-200 Malbork, Pl. Słowiański 5
tel. 55 629 04 00
fax 55 647 33 24
Organ sprawujący nadzór pedagogiczny:
Kuratorium Oświaty w Gdańsku;
adres: 80-853 Gdańsk
ul. Wały Jagiellońskie 24
sekretariat tel. 58 322 29 00
fax 58 322 29 01